Moduł Handel oprócz pełnej funkcjonalności modułu Faktury pozwala na prowadzenie gospodarki magazynowej przy zastosowaniu automatycznej wyceny magazynu. Pracując na programie, Użytkownicy prowadzą i zarządzają gospodarką magazynową przy zastosowaniu rozliczania kosztu własnego sprzedaży jedną z czterech metod: FIFO, LIFO, AVCO, QUAN. Program umożliwia wystawianie różnego rodzaju dokumentów handlowych i magazynowych: faktury VAT, paragony, faktury proforma, faktury RR, dokument Tax Free, Intrastat, zamówienia i rezerwacje, przyjęcia i wydania zewnętrzne oraz wewnętrzne, arkusze inwentaryzacyjne i wiele innych. Comarch OPT!MA Handel zapewnia prowadzenie wielu magazynów. Magazyny mogą być prowadzone lokalnie lub w lokalizacjach odległych. Przesyłanie informacji o towarach przesuwanych pomiędzy magazynami odbywa się za pomocą plików.